Estimating seed sensitivity on homogeneous alignments

Gregory Kucherov, Laurent Noé, Yann Ponty

Результат исследований: Глава в книге, отчете, сборнике статейМатериалы для конференциирецензирование

23 Цитирования (Scopus)

Аннотация

We address the problem of estimating the sensitivity of seed-based similarity search algorithms. In contrast to approaches based on Markov models [18, 6, 3, 4, 10], we study the estimation based on homogeneous alignments. We describe an algorithm for counting and random generation of those alignments and an algorithm for exact computation of the sensitivity for a broad class of seed strategies. We provide experimental results demonstrating a bias introduced by ignoring the homogeneousness condition.

Язык оригиналаАнглийский
Название основной публикацииProceedings - Fourth IEEE Symposium on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2004
ИздательIEEE Computer Society
Страницы387-394
Число страниц8
ISBN (печатное издание)0769521738, 9780769521732
DOI
СостояниеОпубликовано - 2004
Опубликовано для внешнего пользованияДа
СобытиеProceedings - Fourth IEEE Symposium on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2004 - Taichung, Китайская Провинция Тайвань
Продолжительность: 19 мая 200421 мая 2004

Серия публикаций

НазваниеProceedings - Fourth IEEE Symposium on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2004

Конференция

КонференцияProceedings - Fourth IEEE Symposium on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2004
Страна/TерриторияКитайская Провинция Тайвань
ГородTaichung
Период19/05/0421/05/04

Fingerprint

Подробные сведения о темах исследования «Estimating seed sensitivity on homogeneous alignments». Вместе они формируют уникальный семантический отпечаток (fingerprint).

Цитировать